In Chrono Trigger un gruppo di avventurieri viaggia attraverso il tempo per salvare il futuro del loro pianeta. Durante lo svolgersi della storia a loro si uniscono alleati provenienti da altri periodi storici allo scopo di sconfiggere il parassita alieno Lavos che lentamente sta distruggendo il loro mondo. Il giocatore alla fine dispone di un gruppo di sette personaggi giocabili: Crono, il protagonista, Marle, la principessa ribelle, Lucca, la brillante inventrice, Robo, il robot rifiutato dai suoi simili, Frog, la rana cavaliere, Ayla, la donna delle caverne e, a scelta, il mago oscuro Magus. Il gruppo si sposta attraverso portali ed Epoch, una macchina del tempo volante in sette diversi momenti della storia: l'Era Preistorica (65 milioni a.C.), l'Età Oscura (12000 a.C.), il Medioevo (600 d.C.), il Presente (1000 d.C.), l'Apocalisse (1999 d.C.), il Futuro postapocalittico (2300 d.C.) e la Fine del tempo.